Ο μεγάλος όγκος από τα φύκια που έχουν ξεβραστεί σε αυτό το γραφικό λιμάνι της Αίγινας, δημιουργεί μία ιδιαίτερα αποκρουστική εικόνα και επικίνδυνες συνθήκες για τα μικρά σκάφη που ελλιμενίζονται εκεί. Το πρόβλημα στο λιμάνι της Βαγίας παρουσιάζεται επί σειρά ετών, εγκλωβίζοντας τα μικρά σκάφη σε λίγους πόντους νερό. Η απομάκρυνσή τους ξεκίνησε σήμερα από το Δημοτικό Λιμενικό Ταμείο και σταδιακά ο πυθμένας καθαρίζεται. Το πρόβλημα ωστόσο δεν θα εξαλειφθεί εάν δεν αποκατασταθούν τεχνικά κάποια σημεία του μικρού λιμανιού.
Τον Σεπτεμβρίου του 2015 είχε γίνει γνωστό ότι εγκρίθηκε από την Περιφέρεια ποσό ύψους 1.200.000 ευρώ, για τη συντήρηση στα μικρά λιμάνια της περιφέρειας της Αίγινας με τίτλο: "Αποκατάσταση ζημιών από θαλασσοταραχή νήσου Αίγινας". Ανάμεσα στα μικρά λιμάνια του νησιού που αφορά το έργο βρίσκεται και αυτό της Βαγίας. Σε σχετική ερώτηση, ο πρόεδρος του Δημοτικού Λιμενικού Ταμέιου κύριος Γιώργος Σκαλτσίωτης απάντησε ότι σύντομα θα είναι έτοιμα τα τεύχη δημοπράτησης του έργου.