Ο Γιάννης Μαυρακάκης, γιος του Κωνσταντίνου και της Βασιλικής Μαυρακάκη με καταγωγή από την Κρήτη, γεννήθηκε στις 11 Οκτωβρίου 1940 στον Πειραιά. Αποφοίτησε από το Λύκειο το 1958 και υπηρέτησε την στρατιωτική του θητεία στην Πολεμική Αεροπορία (1961-1963).
Από το 1958 έως το 1961 δούλεψε στον Πειραιά, στον τομέα των ναυλώσεων και διαχείρισης πλοίων. Το 1964 ίδρυσε ναυλομεσιτικό γραφείο με έδρα τον Πειραιά. Το 1968 επεκτείνει την ναυτιλιακή του δραστηριότητα προχωρώντας στην αγορά του πρώτου φορτηγού πλοίου. Το 1972 ιδρύει την εταιρεία διαχείρισης πλοίων MAVRAKAKIS SHIPPING S.A., η οποία μετονομάσθηκε σε MAYAMAR MARINE ENTERPRISES S.A. και μέχρι το 2009 διαχειρίστηκε πάνω από 100 εμπορικά πλοία, φορτηγά, bulk carriers, twin deckers, δεξαμενόπλοια και product carriers. Ήταν πολύ περήφανος, που κατά τις δεκαετίες του ’70 και του ‘80 όλα τα πλοία ιδιοκτησίας της Mayamar έφεραν την ελληνική σημαία και ήταν επανδρωμένα με 100% ελληνικό πλήρωμα.
Παρόλο που η ναυτιλία παρέμεινε ο αγαπημένος του τομέας, βλέποντας τα σημάδια των καιρών και τις δυνατότητες που πρόσφεραν τα σημαντικά οικονομικά αποτελέσματα από τις επιτυχείς κινήσεις του στις αγοραπωλησίες των πλοίων και την σωστή διαχείριση, προχώρησε σε εξ ίσου πετυχημένες διαφοροποιήσεις της επιχειρηματικής δραστηριότητας του ομίλου την δεκαετία του 1990 με επενδύσεις στους τομείς της εμπορίας και επεξεργασίας πετρελαίου, την πληροφορική, την διαχείριση ακινήτων, τις τραπεζικές υπηρεσίες (το 1990 ίδρυσε την Δωρική Τράπεζα).
Διατέλεσε μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Ελληνικής Επιτροπής της Germanisher Lloyds, της Εθνικής Τράπεζας Α.Ε., της Atlantic Bank of New York S.A., της Δωρικής Τράπεζας Α.Ε., της HELMEPA και της Ένωσης Ελλήνων Εφοπλιστών.
Παντρεύτηκε την Βαρβάρα Μαυρακάκη, ζωγράφο και εικαστικό. Ζήσανε μαζί 57 χρόνια, στην Καστέλα και στην Πέρδικα της Αίγινας και απέκτησαν τρία παιδιά, την Βασιλική, την Κατερίνα και τον Κωνσταντίνο Μαυρακάκη και τρία εγγόνια, τον Γιάννη Ορέστη, την Ελένη Ερμίνα και τον Γεώργιο Λεονάρδο.
Σύμφωνα με την επιθυμία του, η σορός του Γιάννη Μαυρακάκη αποτεφρώθηκε στο Κ.Α.Ν. Ριτσώνας.
