Η κλονισμένη υγεία του τον αναγκάζει, ύστερα από διετή προσφορά προς το Έθνος να εγκαταλείψει την Αίγινα και να επιστρέψει στην Πετρούπολη. Η είδηση της δολοφονίας του Καποδίστρια του προκαλεί αγιάτρευτη ψυχική και ηθική συντριβή. Τότε παίρνει και τη μεγάλη απόφαση: Να διαθέσει, όλη την περιουσία του, καρπό προσωπικών μόχθων, στερήσεων και θυσιών, και να ιδρυθεί το έτος 1906 Πανεπιστήμιο στην Αθήνα, με το όνομα Καποδιστριακό.
Η εκδήλωση περιελάμβανε χαιρετισμό του Δημάρχου Αίγινας κυρίου Σάκη Σακκιώτη, του Προέδρου Εταιρείας Ελλήνων Ευεργετών κ. Ανάστου Δημητρόπουλου, χαιρετισμό του Προέδρου Συλλόγου Αποφοίτων Ζωσιμαίας Σχολής κ. Φρίξου Πούρλη, καλωσόρισμα του Συλλόγου Ενεργών Πολιτών κυρίου Αλέξη Κράους και παρουσίαση του βιβλίου από τον συγγραφέα κύριο Σπυρίδωνα Εργολάβο, φιλόλογο με θέμα: "Ο Ιωάννης Καποδίστριας και ο Ιωάννης Δομπόλης στην Αίγινα, πρώτη πρωτεύουσα του Ελληνικού κράτους".
Σήμερα το πρωί στο Μητροπολιτικό Ναό της Αίγινας ο πρωτοπρεσβύτερος, πατέρας Εμμανουήλ Γιαννούλης τέλεσε μνημόσυνο στη μνήμη του ευεργέτη Ιωάννη Δομπόλη, ενώ ακολούθησε ξενάγηση στα Καποδιστριακά κτίρια από τον κύριο Αλέξη Κράους, στα μέλη του Συνδέσμου Αποφοίτων Ζωσιμαίας Σχολής Ιωαννίνων.